Die älteste erhaltene Erwähnung von Köppern stammt aus dem Jahr 1269, als dem Burchard von Printsac vom Grafen Gerhard von Eppstein eine Wassermühle zu „copperno“ zu Lehen gegeben wurde.
1486 verkaufte Gottfried X. von Eppstein mit Einwilligung des Lehensherrn, des hessischen Landgrafen, das Amt Homburg samt den zugehörigen Dörfern – also einschließlich Köppern – für 19.000 Gulden an Graf Philipp I. (den Jüngeren) von Hanau-Münzenberg. Die Hanauer Grafen behielten das Amt aber nicht lange. 1504 unterlag Hanau im Landshuter Erbfolgekrieg, Landgraf Wilhelm II. von Hessen dagegen stand auf Seiten der Sieger und beschlagnahmte das Amt. Auf dem Reichstag von Worms kam es 1521 zu einem Vergleich durch die Vermittlung Kaiser Karls V.: Gegen Zahlung einer Summe von 12.000 Gulden verzichteten die Grafen von Hanau auf ihre Ansprüche.
Leinenweberei und Ziegelbrennerei stellten neben der Landwirtschaft lange Zeit die wichtigsten Erwerbszweige dar. Später kamen die Fabrikation von Hüten und die Verarbeitung von Leder hinzu. 1901 wurde vom Frankfurter Arzt Emil Sioli das heute noch bestehende Waldkrankenhaus (Fachklinik für Psychiatrie und Psychotherapie) gegründet.
Ausgehend vom alten Straßendorf entlang der Köpperner Straße zwischen Erlenbachbrücke und Schulstraße wuchs das Dorf im 20. Jahrhundert besonders auf der Südseite des Erlenbachs zur Bahnlinie hin, dieses Neubaugebiet zeichnet sich durch eine auf die Chaussee nach Friedrichsdorf ausgerichtete, rechtwinklige Straßenführung aus (Planstadt). Nördlich des Ortskerns entstand ein Gewerbegebiet, das zu Beginn des 21. Jahrhunderts erweitert wurde (Köppern-Nordost).
Gebietsreform
Im Zuge der Gebietsreform in Hessen wurden am 1. August 1972 kraft Landesgesetz die bisherige Stadt Friedrichsdorf und die Gemeinden Seulberg, Köppern und Burgholzhausen vor der Höhe zur heutigen Stadt Friedrichsdorf zusammengeschlossen. Der letzte Bürgermeister von Köppern, Fritz Levermann (Bürgermeister 1958 bis 1972), war von 1972 bis 1978 Erster Stadtrat von Friedrichsdorf und später Ehrenbürger der Stadt.
Ortsname
Lange Zeit galt als wahrscheinlichste Theorie, dass der Name von der Berufsbezeichnung der Küfer abgeleitet wurde, die im Mittelalter das Holz der umliegenden Wälder verarbeitet haben. Die dadurch entstandene Siedlung „bei den Küfern“ sei schließlich zum Ortsnamen Köppern verschliffen worden.
Die neuere Namenforschung widerlegte schließlich die ältere Theorie und führte den Ortsnamen auf eine alte Benennung des Erlenbaches im dortigen Gebiet zurück. Analog zum Gewässernamen der Kupfer in Baden-Württemberg, entstammt der Name Köppern aus vorgermanisch Kuprina oder Kupria, was wiederum auf eine indogermanische Grundform *keup- zurückgeht. Dies bedeutet soviel wie „(innerlich) beben“ und bezeichnet wohl eine Stelle, an der der Wasserschwall des Baches besonders stark war.
Historische Belege des Ortsnamens:
1269 Copperno
1290–1306 Coppern
1310 Cůpperne
1317 Chůppern
1334 Kůppern
14. Jh. Cuper
1487 Kopffern
1537 Koeppern
1567 Coiffernn